Flavio Alfaro se llamó primeramente Pescadillo, nombre que se debió a la abundancia de pescado en el río que corría por esta zona.
En 1888 llegó al lugar Eliseo Saldarriaga, estableciéndose en el estero San Pablo, hasta la margen derecha del río Rancho Quemado.
Dichos terrenos fueron luego vendidos a Miguel Agustín Zambrano Meza, apodado como el Negro Sánchez, quien pagó 16 sucres, que en esa época equivalían a 36 jornales.
Dos años más tarde, en 1890, se posesionó de esos terrenos Antonio Alcívar, quien al morir los dejó como herencia a sus hijos, entre ellos Rafael Alcívar, quien, a petición de Pedro Elías Zambrano y Miguel Agustín Zambrano, donó una parte de esos terrenos para la formación de un poblado.
En 1923, después de haberse delineado la plaza y trazado las calles, Rafael Alcívar vendió en escritura pública, a Miguel Agustín, lo que entonces se llamaba Pescadillo y hoy es el cantón Flavio Alfaro.
Pero el espíritu progresista y desinteresado de Agustín Zambrano permite que comerciantes, familiares y amigos continúen la formación del pueblo. Así fueron llegando: Modesto Valenzuela, de origen colombiano y radicado en Rocafuerte; Pedro Elías Zambrano (Cheque), Carmelo Marcillo, Joaquín Loor, Pedro Ostaiza, Cecilio Zambrano Andrade, Antonio Farías, Estuardo Bravo, Pedro Pablo López, José Bravo.
Pescadillo se convirtió en un recinto de la parroquia Ricaurte del cantón Chone y el 23 de septiembre de 1940, siendo presidente de la República Carlos Alberto Arroyo del Río, adquiere la categoría de parroquia con el nombre de Flavio Alfaro. La gestión la desarrollaron hombres de progreso, entre los que sobresale Claro Antonio Cedeño.
En esa época integraban la parroquia los caseríos Zapallo, La Morena, Camarones, El Guineo, Ciriaco, Rancho Quemado, Piche, Novillo y Quinindé.